À côté des grands barrages, l'hydraulique se décline en installations de petite taille et en ouvrages de stockage dont le rôle grandit avec le développement des énergies variables.
On désigne ainsi les installations de puissance modeste, généralement en dessous de dix mégawatts, et la micro-hydraulique en dessous de cent kilowatts.

La France en compte plusieurs milliers, souvent installées sur d'anciens sites de moulins, de forges ou de filatures. Leur production individuelle est faible ; leur total est loin d'être négligeable.
Elles présentent l'avantage d'être réparties sur le territoire, raccordées au réseau de distribution et exploitées par des acteurs locaux, collectivités, agriculteurs, particuliers, sociétés citoyennes.
C'est un projet fréquent, et il vaut mieux en connaître les conditions avant de s'engager.
Le droit d'eau doit être établi. Les moulins antérieurs à 1789 bénéficient d'un droit fondé en titre, imprescriptible mais qui se perd si l'ouvrage est ruiné ; les autres relèvent d'une autorisation ou d'une concession, avec une durée et des conditions.
Le débit réservé, la part du débit qui doit rester dans le lit du cours d'eau, est fixé réglementairement, généralement au dixième du module. Il détermine directement la production, et il n'est pas négociable.
La production doit être évaluée sur une chronique de débits réelle, et non sur un débit moyen : une rivière qui s'assèche trois mois par an ne produit pas trois mois par an.
Et le raccordement, dont le coût peut dépasser celui de la machine si le point d'injection est éloigné.
L'expérience de la filière est constante sur un point : les projets qui échouent sont ceux qui ont surestimé la production et sous-estimé les délais administratifs, qui se comptent en années.
Elles constituent le seul moyen de stockage massif d'électricité aujourd'hui disponible, et de très loin le plus important en volume.
Le principe est simple : deux retenues à des altitudes différentes. Quand l'électricité est abondante et peu chère, on pompe l'eau vers le haut ; quand elle manque, on la turbine.
Le rendement du cycle complet atteint environ quatre-vingts pour cent, ce qui est excellent pour un stockage. La durée de vie des ouvrages se compte en décennies, contre une quinzaine d'années pour une batterie.
Leur développement se heurte à la disponibilité des sites : il faut un dénivelé, deux cuvettes, de l'eau, et l'acceptation locale. Des projets de réutilisation d'anciennes carrières et de mines sont à l'étude, ainsi que des installations en bord de mer utilisant l'océan comme réservoir bas.
C'est le principal point de tension autour de la petite hydraulique, et il mérite d'être exposé des deux côtés.
Un seuil ou un barrage constitue un obstacle à la circulation des poissons migrateurs et au transit des sédiments, ce qui appauvrit les milieux et modifie le lit à l'aval. La directive-cadre européenne sur l'eau impose de restaurer cette continuité.
Les gestionnaires d'ouvrages font valoir que ces seuils, souvent pluriséculaires, soutiennent les nappes, entretiennent des zones humides et constituent un patrimoine, et que leur effacement systématique n'est pas toujours le meilleur choix écologique.
La réglementation française a évolué vers une approche au cas par cas : équipement en passes à poissons, ouverture des vannes en période de migration, ou effacement, selon l'enjeu du cours d'eau.
La ressource hydraulique est directement affectée : étiages plus longs, précipitations plus irrégulières, disparition progressive du stock glaciaire qui soutenait les débits d'été dans les Alpes et les Pyrénées.
Les projections font apparaître une production annuelle en légère baisse et, surtout, une saisonnalité modifiée, davantage l'hiver, moins l'été, au moment où la demande de refroidissement augmente.
Les conflits d'usage avec l'irrigation et l'eau potable s'en trouvent aiguisés, et plusieurs arbitrages préfectoraux ont déjà conduit à restreindre le turbinage en période de sécheresse.
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